En 1667 el empresario minero español Alonso de Villaseca fundó una hacienda virreinal en la vía que actualmente une a la Presa de Cerro Prieto con el Pueblo Mágico de Linares, a unos 12 km de este.
De Villaseca hizo construir una hermosa casona de paredes de sillar, columnas abultadas y techos de terrado y luego donó la propiedad a la orden jesuita, en un intento por tranquilizar a los indígenas chichimecas de la región.
Los jesuitas construyeron la capilla y el acueducto que llevaba el agua al antiguo molino de caña de azúcar, situado a casi 1 km del casco de la hacienda, del que se conservan las ruinas.
A mediados del siglo XVIII, los jesuitas subastaron Guadalupe, que a partir de ese momento fue pasando por diferentes manos de propietarios privados.
A principios del siglo XX, antes de la Revolución Mexicana, la hacienda era una de las más hermosas y prósperas de la región.
Fue ocupada por la tropa revolucionaria y después de la Revolución recuperó su auge agropecuario.
En 1981 fue comprada por la Universidad Autónoma de Nuevo León y es la sede actual de la Facultad de Ciencias de la Tierra.